Mimo to do początków 2000 r. o. Maciej Zięba OP nie ukrócił działalności swego współbrata we Wrocławiu. Stało się tak dopiero po przekazaniu mu przez o. Marcina Mogielskiego OP kilku pisemnych świadectw członków Wspólnoty, którzy byli już wówczas świadomi krzywdy doświadczonej przez nich z powodu psychomanipulacji Pawła M. W Wielki Wtorek 2000 r. ówczesny prowincjał polskich dominikanów odwołał zakonnika z funkcji duszpasterza akademickiego we Wrocławiu. Już wiosną tamtego roku o. Maciej Zięba OP dowiedział również o wykorzystaniu seksualnym przez Pawła M. w ramach prowadzonego przez dominikanina „kierownictwa duchowego” czterech kobiet. Dostał też na piśmie informację o wielokrotnym zgwałceniu jednej z nich. Nie zlecił jednak w tej sprawie postępowania kanonicznego ani nie zgłosił zawiadomienia o popełnieniu przestępstwa do prokuratury. Pawła M. spotkały jedynie ze strony o. Macieja Zięby OP „kary” o charakterze pokutnym: zakaz sprawowania sakramentów, kilkutygodniowy pobyt w klasztorze kamedułów na Bielanach w Krakowie oraz roczna praca w hospicjum w Lublinie.

Stosunek ówczesnych władz zakonu do pokrzywdzonych był absolutnie niewłaściwy. Po ujawnieniu nieprawidłowości w funkcjonowaniu Wspólnoty św. Dominika we Wrocławiu dominikanie nie podjęli zorganizowanego wysiłku w skorygowaniu skutków błędnej formacji religijnej i życia duchowego, które narzucił Paweł M. Praca z pokrzywdzonymi była tymczasem niezbędna i stanowiła część odpowiedzialności duszpasterskiej dominikanów. Niektórym z pokrzywdzonych zaoferowano jedynie pokrycie kosztów psychoterapii, co pokrzywdzeni odebrali jako upokorzenie. Poza tym (z wyjątkiem o. Marcina Mogielskiego OP) nie okazano im żadnych innych oznak empatii i wsparcia, co przyczyniało się do wystąpienia wtórnej wiktymizacji. Dominikanie nie reagowali też odpowiednio na przestrzeni kolejnych 20 lat na skargi i zapytania, jakie wysyłali do nich pokrzywdzeni, odnośnie do dalszego funkcjonowania Pawła M. w zakonie i możliwości wystąpienia niebezpiecznych sytuacji w ramach prowadzonej przez niego działalności.

Tymczasem po upływie rocznego zakazu sprawowania sakramentów, od 2001 r. do końca prowincjalatu o. Macieja Zięby OP w 2006 r., Paweł M. wrócił do normalnej działalności kapłańskiej – odprawiał Eucharystię, głosił Słowo Boże, sprawował sakrament pokuty. Nie otrzymał jedynie zadań związanych z prowadzeniem indywidualnego i grupowego duszpasterstwa. Od początku prowincjalatu o. Krzysztofa Popławskiego OP – tj. od 2006 r. – limitowano działalność Pawła M., z wyjątkiem okresu skierowania go po obronie doktoratu do pracy w szpitalu psychiatrycznym oraz pracy duszpasterskiej w Jarosławiu (co w kontekście znanych ówczesnemu prowincjałowi faktów jest decyzją dla nas niezrozumiałą), aż do niemal całkowitego wycofywania go od kontaktów z ludźmi poza środowiskiem dominikanów.

Z drugiej strony, Paweł M. przez lata był poddawany ograniczeniom w sprawowaniu władzy święceń oraz kontaktach z ludźmi wyłącznie na podstawie uznaniowej decyzji prowincjałów, bez zastosowania właściwej podstawy prawnej i takiejże procedury. Nawet po zakończeniu prowincjalatu o. Macieja Zięby OP w 2006 r., aż do roku 2021, nie przeprowadzono żadnego postępowania kanonicznego w sprawie Pawła M., nie dano mu prawa do obrony, nigdy nie orzeczono wobec niego kar w rozumieniu Kodeksu prawa kanonicznego. Jednocześnie, niejako pochodnie, nie stworzono realnego zagrożenia poważniejszymi konsekwencjami w przypadku naruszenia nałożonych na niego zakazów. Jedyna próba złożenia formalnego odwołania (rekursu) przez Pawła M. do Generała Zakonu Kaznodziejskiego od decyzji o zastosowaniu ograniczeń względem niego okazała się nieskuteczna. W naszej ocenie wynikała ona z przekonania o konieczności ochrony innych przed Pawłem M., a nie dowodziła prawidłowości stosowanych przez prowincjałów środków.

Decyzje kolejnych prowincjałów były podejmowane na podstawie nie dość rzetelnego doradztwa prawnego oraz nieumiejętnego korzystania z niego. Miało ono wpływ na wadliwe ukształtowanie sytuacji prawnej Pawła M. i błędną świadomość prowincjałów co do możliwości prawnych, którymi ci w rzeczywistości dysponowali. W szczególności byli oni utrzymywani w przekonaniu, że nie mają prawa do nałożenia kar prawnokanonicznych na Pawła M. Kolejni przeorowie klasztorów, w których przebywał Paweł M., nie otrzymywali dostatecznie precyzyjnych informacji o jego sytuacji, które pozwoliłyby im zrozumieć powagę obowiązków przełożonego w jego sprawie. System kontroli przestrzegania ograniczeń był słaby. Gwoli prawdy należy jednak odnotować, że jeden z byłych przełożonych klasztoru św. Jacka w Warszawie wykazał się niezwykłą czujnością i dbałością w tym zakresie.

Z czasem zaczęto ponownie doceniać gorliwość Pawła M. Z tego powodu akceptowano jego bardzo ograniczoną aktywność duszpasterską, którą kierowano głównie na pracę naukową (obrona doktoratu), pracę z chorymi i starszymi braćmi, obowiązki archiwalne i techniczne.

Prowincjałowie dysponowali rozbieżnymi opiniami psychologicznymi i psychiatrycznymi dotyczącymi Pawła M. W trakcie dwudziestu lat sporządzono ich kilka, o różnej jakości warsztatowej i o sprzecznych konkluzjach. Okoliczności powstawania tych korzystnych dla Pawła M. opinii, opartych na jednorazowym badaniu bez zapoznawania się całościowo z wcześniejszą jego historią, zawierających wyraźnie wypowiedziany jako ogólna konkluzja całkowity brak zastrzeżeń co do możliwości podejmowania przez niego działalności kapłańskiej i duszpasterskiej, pozwalają wątpić w rzetelność procesu ich przygotowania.

W konsekwencji powyższych wypadków, dokonywane w ostatnich latach stopniowe zdejmowanie z Pawła M. ograniczeń, takie jak zgoda na głoszenie rekolekcji w klasztorach żeńskich klauzurowych – w przekonaniu o minimalnej możliwości bezpośredniego kontaktu z zakonnicami – stało się przyczyną wejścia przez niego w bardziej bezpośrednie interakcje z kobietami, co stworzyło okazję do ponownego wykorzystania seksualnego jednej z nich. Należy przy tym odnotować, że sam Paweł M., wbrew woli przełożonych (lub przez sprytne jej omijanie), podejmował działalność o charakterze duszpasterskim, nawiązując relacje na zewnątrz klasztoru. Utrzymywał także wcześniej, w okresie zakazów pracy duszpasterskiej, nieprawidłowe relacje z kobietami konsekrowanymi, poddając je manipulacji psychicznej. Świadectwa w tym zakresie są jednak bardzo ograniczone ze względu na niewielką współpracę dowodową tej grupy kobiet.