Nad Zatoką Nowojorską rozciągnięty jest najdłuższy most w Nowym Jorku. Nosi on imię pierwszego Europejczyka, który w roku 1524 zakotwiczył w tym miejscu. Był nim Włoch w służbie francuskiej, florentyńczyk Giovanni da Verrazano. Przetartym szlakiem zaczęli napływać nowi koloniści. Byli to przeważnie protestanccy Holendrzy, którzy nazwali zasiedlane ziemie Nową Niderlandią. Zaś na wyspie Manhattan założyli kolonialną placówkę handlową, tzw. faktorię handlową. A miejsce to nazwali Nowym Amsterdamem. W miarę napływu emigrantów powstawały coraz to nowe osiedla, w tym także Brooklyn, któremu nadano nazwę holenderskiego miasta Breuckelen. Wschodnią część wyspy Long Island zasiedlali emigranci angielscy, zakładając m. in. Southampton. Tu warto dodać, że Nowy Jork położony jest zasadniczo na trzech wyspach: Long Island, Manhattan i Staten Island.
W XVII wieku na te tereny docierali z Kanady francuscy jezuici, którzy prowadzili misje wśród Indian. Tamte czasy wydały pierwszych świętych i błogosławionych tych ziem, m.in. błogosławioną Indiankę Kateri Tekakwitha oraz sześciu misjonarzy: czterech jezuitów i dwóch świeckich, którzy ponieśli śmierć męczeńską z rąk Indian plemienia Irokezów. Zostali oni razem kanonizowani w roku 1930, jako męczennicy Ameryki Północnej. Jezuita Isaac Jogues został uwolniony z rąk Irokezów przez pastora protestanckiego i przywieziony do Nowego Amsterdamu. Czekając kilka tygodni na powrót do Francji, miał okazję przyjrzeć się życiu religijnemu w nowej kolonii holenderskiej. Pisze on, że władze kolonii przymuszały mieszkańców do przyjęcia kalwinizmu, a w roku 1640 zakazały praktyk religijnych wszystkim wyznaniom z wyjątkiem kalwinizmu. Trzeba zauważyć, że już wtedy Nowy Amsterdam był miastem wielowyznaniowym, zamieszkanym przez katolików, protestantów i żydów.
W roku 1664 Nowy Amsterdam został zdominowany przez Anglików, którzy zmienili nazwę miasta na Nowy Jork. Zmieniła się także sytuacja prawna i polityczna tego miasta. W roku 1667 Anglia przegrała morską wojnę z Holandią i została przymuszona do zawarcia pokoju w Bredzie. W ramach ustaleń pokojowych Anglia otrzymała północnoamerykańską kolonię Nowy Jork. Kolonia stała się posiadłością księcia Jorku, późniejszego króla Anglii, który przeszedł z anglikanizmu na katolicyzm. W roku 1682 król Jakub II wyznaczył Irlandczyka Colonela Thomasa Dongana na gubernatora kolonii nowojorskiej. Gubernator zdążał do Nowego Jorku przez wyspę Long Island. W podróży towarzyszył mu kapelan, angielski jezuita Thomas Harvey. Prawdopodobnie w czasie tej drogi została odprawiona pierwsza Msza św. na Long Island, zaś na wyspie Manhattan pierwszą Mszę św. uroczyście celebrowano 26 sierpnia 1683 roku. W niedługim czasie gubernator Dongan zwołał zgromadzenie i ogłosił dekret, który gwarantował wolność religijną tym, którzy „wyznają wiarę w Boga przez Jezusa Chrystusa”.
Względna tolerancja religijna trwała do roku 1688, kiedy to w Anglii zwyciężyła tzw. rewolucja angielska i król Jakub II został pozbawiony tronu. Idee rewolucyjne dotarły do Nowego Jorku. Kupiec holenderski Jackob Leisler wzniecił bunt przeciw gubernatorowi Donganowi, który zmuszony został do opuszczenia miasta. W jego ślady musieli pójść jezuici. Zgromadzenie kolonialne zmieniło dekret Dongana o tolerancji religijnej. Nowy dekret odmawiał wolności religijnej w Nowym Jorku „każdej osobie religii rzymskiej”. Antykatolicyzm stał się wszechobecny w prawie, książkach i życiu codziennym. W roku 1697 Richard Coote, zaciekły wróg katolicyzmu, został gubernatorem. W trzy lata później władze pod jego przewodnictwem uchwaliły pakiet ustaw antykatolickich. Ustawy te przewidywały m.in. karę dożywotniego więzienia dla kapłana katolickiego schwytanego na sprawowaniu posługi duszpasterskiej oraz karę więzienia i grzywnę 200 funtów dla każdego, kto by udzielił pomocy lub schronienia katolickiemu kapłanowi.
Katolicy byli traktowani przez swych sąsiadów protestantów jako podejrzani, obywatele drugiej kategorii. Te okoliczności stały się jednym z czynników hamujących w XVIII wieku rozwój katolicyzmu na tych ziemiach.
Sytuacja zaczęła się zmieniać, gdy w kwietniu 1775 roku doszło do pierwszych walk zbrojnych między policją kolonialną a oddziałami wojsk brytyjskich pod Lexington w New Hampshire. Był to początek wojny o niepodległość Stanów Zjednoczonych. Katolicy zdecydowanie opowiedzieli się za niepodległością, wydatnie wspierając na drodze dyplomatycznej, politycznej i militarnej dążenia niepodległościowe Stanów Zjednoczonych. Wielu katolików służyło w kontynentalnej armii, podczas gdy inni czynnie włączali się w debaty nad kształtem przyszłego państwa. Katolickie państwa, takie jak Polska, Hiszpania i Francja, wspierały ekonomicznie i militarnie powstańczą armię. Na stałe wpisały się w historię Stanów Zjednoczonych postacie wybitnych Polaków, jak Tadeusz Kościuszko, gen. Kazimierz Pułaski i wielu innych. Choć katolicy stanowili niewielki procent całej amerykańskiej populacji, to jednak odegrali bardzo ważną rolę w uzyskaniu niepodległości Stanów Zjednoczonych. Dwóch katolików podpisało Konstytucję Stanów Zjednoczonych.
Wolność religijna znalazła swoje miejsce w ustawodawstwie prawnym Stanów Zjednoczonych. Również konstytucja stanu Nowy Jork z roku 1777 gwarantowała wolność religijną, chociaż z pewnymi ograniczeniami, a mianowicie domagała się przed objęciem urzędu państwowego przysięgi odrzucającej wszelkie formy lojalności wobec zagranicznej władzy - zarówno kościelnej, jak i cywilnej. W przypadku katolików równało się to wypowiedzeniu lojalności papieżowi. Ale i na to znalazł się sposób. Gdy w roku 1806 katolik Francis Cooper został wybrany do Zgromadzenia Stanowego, odmówił złożenia takiej przysięgi. Objął jednak urząd, bo w jego sprawie podpisało petycję 1300 katolików.
W czerwcu 1784 roku ks. John Carroll został mianowany przełożonym misji katolickiej w Stanach Zjednoczonych, a pięć lat później papież Pius VI utworzył pierwszą diecezję w Baltimore i mianował ks. Johna Carrolla pierwszym biskupem tej diecezji. Jego jurysdykcja obejmowała całe Stany Zjednoczone. Wspólnota katolicka liczyła wtedy ok. 30 tys. wiernych i stanowiła zdecydowaną mniejszość w kraju zdominowanym przez protestantów. Ale niebawem liczba katolików zaczęła gwałtownie wzrastać, tak że w roku 1808 diecezję Baltimore podniesiono do rangi archidiecezji, w skład której weszły nowo utworzone diecezje: Nowy Jork, Boston, Filadelfia i Bardstown.