Krótkie życie polskiego Świętego było mocno związane z naddunajską stolicą. Tutaj młody Stanisław spędził trzy niełatwe dla niego lata, które zadecydowały o jego dalszej drodze życiowej. To właśnie w Wiedniu, w trakcie nauki w kolegium jezuickim oraz pod wpływem przeżyć mistycznych podczas ciężkiej choroby, powstało wielkie pragnienie wstąpienia do nowicjatu Towarzystwa Jezusowego i całkowitego poświęcenia się Bogu – jako kilkunastoletni młodzieniec podporządkował całe swoje życie temu jedynemu życzeniu, kierując się maksymą „Do wyższych rzeczy jestem stworzony i dla nich winienem żyć.”

Stanisław Kostka przebywał w Wiedniu od lipca 1564 r. do sierpnia 1567 r. Przybył tu w wieku czternastu lat, wraz ze swoim starszym bratem Pawłem, w celu kontynuowania nauki w słynnym na całą Europę kolegium jezuickim. Początkowo mieszkali w konwikcie zakonu. Jednak po zamknięciu internatu przez cesarza Maksymiliana II w 1566 r. wynajęli mieszkanie w pobliskiej kamienicy przy Kurrentgasse 2. Niewielki pokój Stanisława znajdował się na pierwszym piętrze. Piętnaście lat po jego śmierci, w 1583 r., a jeszcze przed wyniesieniem go na ołtarze, pomieszczenie przez niego zamieszkiwane przebudowano na skromną kaplicę. Kamienica bardzo często zmieniała właścicieli. W latach czterdziestych XVIII w., dwadzieścia lat po kanonizacji św. Stanisława Kostki w 1726 r., ówczesna właścicielka domu Maria Barbara Koller von Mohrenfeld poleciła przebudować kaplicę, a jej wnętrze przyozdobić bogatymi ornamentami w stylu rokoko. W miejscu, gdzie wcześniej stało łóżko i gdzie Stanisław miał objawienia postawiono ołtarz. Nad nim sto lat później umieszczono obraz autorstwa austriackigo jezuity Franza Stechera. Scena nawiązuje do wizji św. Stanisława Kostki i przedstawia Matkę Bożą z Dzieciątkiem, św. Barbarę oraz anioła podającego Stanisławowi Komunię Świętą. Na suficie znajdują się freski przedstawiające dwie sceny – ucieczkę z Wiednia oraz przyjęcia Stanisława do rzymskiego nowicjatu Towarzystwa Jezusowego na Kwirynale przez Ojca Generała Franciszka Borgiusza.

Kaplica św. Stanisława Kostki przetrwała do dnia dzisiejszego. Ponieważ znajduje się ona cały czas w rękach prywatnych, wiedzą o niej tylko nieliczni. Obecnym właścicielem jest Zrzeszenie Chrześcijańskich Gospodyń Domowych/Berufsverband christlicher Arbeitnehmerinnen (szczególną troską otaczała i nadal otacza to miejsce była preses, dziś 92-letnia Nora Brandl, dbając o dobro kaplicy w kontekście duchowym i finansowym), a opiekę duchową sprawują jezuici. Regularnie raz w miesiącu odprawiana jest tu Msza św. – każdego 13-go o godz. 7.30, na pamiątkę wspomnienia z 13 listopada w Kościele katolickim, kiedy to papież Klemens X w 1670 r. zezwolił Zakonowi Jezuitów na sprawowanie Mszy św. oraz odmawianie godzin liturgicznych ku czci Stanisława. Kaplica jest otwarta w trakcie oktawy św. Stanisława Kostki między 13 a 20 listopada (w godz. 7.30 – 12.00 i 15.00 – 18.00). Tradycja oktawy pielęgnowana jest w tym miejscu od końca XVIII w. Możliwość zwiedzania i odprawienia nabożeństwa istnieje również po wcześniejszym uzgodnieniu terminu.

Wiedeńskie ślady polskiego Świętego to również pobliski plac Am Hof. Na nim mieścił się niegdyś konwikt i kościół jezuitów (dzisiejszy kościół pw. Dziewięciu Chórów Anielskich), do którego uczęszczał codziennie św. Stanisław Kostka. Tu na sklepieniu kaplicy Serca Jezusowego znajduje się fresk przedstawiający niebiańską scenę – Matkę Bożą oraz klęczącego przed nią św. Stanisława, trzymającego w ramionach Dzieciątko Jezu. Scena ta ponownie nawiązuje do wizji podczas choroby młodzieńca. Konający Stanisław doznał cudu uzdrowienia od Matki Bożej i usłyszał od niej polecenie wstąpienia do Towarzystwa Jezusowego, co też, dzięki swojej głębokiej wierze i determinacji, rok później uczynił.